高新技術(shù)企業(yè)是指在《國家重點支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》內(nèi)，持續(xù)進行研究開發(fā)與技術(shù)成果轉(zhuǎn)化，形成企業(yè)核心自主知識產(chǎn)權(quán)，并以此為基礎(chǔ)開展經(jīng)營活動，在中國境內(nèi)（不包括港、澳、臺地區(qū)）注冊一年以上的居民企業(yè)。
新辦法降低高新技術(shù)企業(yè)準入門檻的同時，加強了監(jiān)管力度，對于企業(yè)而言，由于受研發(fā)項目、技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）先進性、財稅核算基礎(chǔ)以及內(nèi)部監(jiān)管體系等諸多因素影響，可能導(dǎo)致高新技術(shù)企業(yè)資格認定被拒、補繳稅款及取消資格的風(fēng)險。
 

（一） 研發(fā)項目不合規(guī)導(dǎo)致資格認定無法通過的風(fēng)險。

目前，新辦法配套的工作指引尚未出臺，原高新技術(shù)認定辦法的工作指引《國科發(fā)（2008）362號》（以下簡稱362號文）對研發(fā)活動、研發(fā)項目的確認以及其他指標如核心自主知識產(chǎn)權(quán)、科研人員、銷售收入等有著明確嚴格的規(guī)定。

一般來說，新辦法的工作指引變化不會太大。參照原辦法的工作指引，如果企業(yè)申請資格認定時，研發(fā)活動不是國家重點支持的高新技術(shù)領(lǐng)域內(nèi)，或者其他內(nèi)容任何一項指標不達標，都有可能面臨著高新資格認定未通過的風(fēng)險。

（二） 指標核算口徑不規(guī)范引發(fā)監(jiān)管風(fēng)險。

企業(yè)對高新認定各項指標理解各異，指標計算容易出現(xiàn)偏差，導(dǎo)致各項指標不能準確反映高新技術(shù)企業(yè)的研發(fā)收入及費用比例狀況。

如新辦法第六條規(guī)定：近一年高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入占企業(yè)同期總收入的比例不低于60%。根據(jù)國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布《中華人民共和國企業(yè)所得稅年度納稅申報表（A類，2014年版）》的公告、國家稅務(wù)總局公告2014年第63號（以下簡稱63號公告）中的A107041《高新技術(shù)企業(yè)優(yōu)惠情況及明細表》填報說明規(guī)定：企業(yè)同期總收入應(yīng)為為稅法第六條規(guī)定的收入總額。包括：銷售貨物收入，提供勞務(wù)收入，轉(zhuǎn)讓財產(chǎn)收入，股息、紅利等權(quán)益性投資收益，利息收入，租金收入，特許權(quán)使用費收入，接受捐贈收入，其他收入。但部分企業(yè)認為總收入僅為主營業(yè)務(wù)收入和其他業(yè)務(wù)收入之和，直接導(dǎo)致的后果就是收入比例計算虛高，雖順利通過了高新資格認定，未來也面臨著嚴格的高新技術(shù)企業(yè)復(fù)核和稽查風(fēng)險。

（三） 研發(fā)支出加計扣除依據(jù)不足存在補繳稅款風(fēng)險。

財政部、國家稅務(wù)總局《關(guān)于完善研究開發(fā)費用稅前加計扣除政策的通知》（財稅（2015）119號文，以下簡稱119號文）及國家稅務(wù)總局《關(guān)于企業(yè)研究開發(fā)費用稅前加計扣除政策有關(guān)問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2015年第97號，以下簡稱97號公告）中明確規(guī)定了可加計扣除的研發(fā)費用。但仍有企業(yè)由于不熟悉政策，存在研發(fā)支出歸集不合理，加計扣除依據(jù)不足的現(xiàn)象。如97號公告規(guī)定，企業(yè)從事研發(fā)活動的人員和用于研發(fā)活動的儀器、設(shè)備、無形資產(chǎn)，同時從事或用于非研發(fā)活動的，應(yīng)對其人員活動及儀器設(shè)備、無形資產(chǎn)使用情況做必要記錄，并將其實際發(fā)生的相關(guān)費用按實際工時占比等合理方法在研發(fā)費用和生產(chǎn)經(jīng)營費用間分配，未分配的不得加計扣除。實踐中企業(yè)自由調(diào)整空間較大，一旦被稽查機關(guān)認定共用儀器設(shè)備或無形資產(chǎn)分配方法不合理或扣除依據(jù)不足，則可能面臨補繳稅款及滯納金的風(fēng)險。

（四） 備案程序不合規(guī)或被取消高新技術(shù)企業(yè)資格。

新辦法規(guī)定企業(yè)獲得高新技術(shù)企業(yè)資格后，應(yīng)每年4月底前在“高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”填報上一年度知識產(chǎn)權(quán)、科技人員、研發(fā)費用、經(jīng)營收入等年度發(fā)展情況報表，同時規(guī)定累計兩年未填報年度發(fā)展情況報表的將被取消高新技術(shù)企業(yè)資格，因此企業(yè)在取得高新技術(shù)企業(yè)資格之后，應(yīng)于每年4月底及時在網(wǎng)上填報年度發(fā)展情況表，否則超過兩年未填報就會被取消高新技術(shù)企業(yè)資格。


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